В национален парк Рила са установени 48 вида бозайници. От тях има 10 вида прилепи, 22 вида дребни и 16 вида едри бозайници. Няколко от тези видове са балкански ендемити. От голямо значение са кафявата мечка и дивата коза също така и вълк, чието разпространение в България е силно ограничено.
